建筑工程印花税缴纳存在一些特殊情况或例外情形，会对处理结果产生影响。
1. 免税主体的例外：若合同一方为免税主体（如政府机关、事业单位等），可能无需缴纳印花税。例如，政府部门作为发包人签订建筑工程合同，其作为免税主体可免缴印花税，但承包人仍需按规定缴纳。
2. 电子合同的特殊要求：若建筑工程合同以电子形式签订，需确保电子凭证符合税法规定（如保存电子合同原件、具备法律效力），否则可能被认定为未按规定缴纳印花税。例如，某企业以电子邮件形式签订建筑工程合同，但未保存完整电子原件，税务机关可能不认可其纳税凭证，要求补缴税款。
3. 合同金额未明确的情形：若建筑工程合同未明确金额，需先按5元贴花，待金额确定后再补缴差额。例如，某承包合同仅约定暂估金额，双方需先贴5元印花税票，最终结算金额确定后，按实际金额计算补缴税款。
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建筑工程印花税缴纳过程中，可能存在以下法律风险点。
1. 未缴纳印花税的罚款风险：若建筑工程承包合同双方未按规定缴纳印花税，税务机关可责令补缴税款，并从滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金，情节严重的可处
0.5倍至5倍罚款。例如，某建筑公司与发包人签订1000万元的承包合同，双方均未缴纳印花税，税务机关查实后，除补缴3000元/方的税款外，还可能按日加收滞纳金，并处以罚款。
2. 合同效力受影响的风险：虽然印花税未缴不直接导致合同无效，但税务机关的处罚可能影响企业信用，进而影响合同的履行和后续合作。例如，某企业因未缴印花税被列入税务异常名单，导致其在后续项目招标中被取消资格。
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对于“建筑工程的印花税双方都缴纳吗”的直接回复，我们可以依据具体法律法规进行详细分析。
根据《中华人民共和国印花税暂行条例》（2011年修订）第二条规定：“下列凭证为应纳税凭证：（一）购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；” 建筑工程承包合同（包括总包、分包、转包）属于“建设工程承包”应税凭证，合同双方均为纳税义务人。例如，某建筑公司作为承包人，与房地产开发公司（发包人）签订建筑工程总包合同，合同金额1000万元，双方需各自按1000万元×
0.03%=3000元缴纳印花税。因此，建筑工程合同的双方均需履行印花税缴纳义务。
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针对“建筑工程的印花税双方都缴纳吗”这一问题，首先明确最直接的答案。
是的，建筑工程合同的双方都需要缴纳印花税。
1. 若存在建筑工程承包合同（包括总包、分包、转包合同），签订合同的发包人和承包人作为合同双方，均为印花税纳税义务人，需各自按合同金额的万分之三缴纳印花税。
2. 若存在建筑工程勘察设计合同，委托方与勘察设计方作为合同双方，同样需各自按合同金额的万分之五缴纳印花税。
3. 若存在建筑工程监理合同，因监理合同不属于《印花税暂行条例》列举的应税凭证，双方无需缴纳印花税。

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